保密保衛處依照職能內設保密科和保衛科。

（一）保密科：保密科在上級部門業務指導下開展學院保密工作，制定保密制度、落實工作部署、提出工作建議、建立保密工作檔案（臺賬）；對各部門的保密工作進行指導管理、組織協調和監督檢查；依法查處失泄密事件；結合實際開展保密教育和培訓。

（二）保衛科：主要承擔消防、安全保衛、學生和教職工集體戶籍管理等職責。負責消防宣傳教育，配備和維護消防器材，培訓義務消防員，處置校園初起火災；負責組織安全保衛工作，組織反暴恐襲擊，處置校園一般治安事故；辦理學生和教職工集體戶籍遷移等事宜。