管理系成立于2001年，是從事行政管理、保密管理本科專業和公共管理專業碩士（MPA）教學、科研、教師隊伍建設、學生管理等工作的教育教學綜合部門。行政管理專業建立于2001年，前身是管理及秘書專科，畢業生授予管理學學士學位。保密管理專業創建于2008年，前身是信息管理與信息系統專業（保密管理方向），為國內第一個保密管理本科專業，畢業生授予管理學學士學位。2021年，學院獲批MPA學位授權點，并成立了MPA教學指導委員會和MPA教育中心。MPA教育中心掛靠管理系，由分管管理系的院領導兼任中心主任，管理系主要負責人兼任中心常務副主任，公共管理學科帶頭人兼任中心副主任，配備兩名教學秘書。

2018年，密碼保密管理教師團隊入選首批“全國高校黃大年式教師團隊”。2019年，保密管理專業入選教育部“雙萬”計劃國家級一流本科專業建設點。2022年，保密管理本科育人團隊獲批北京高校優秀本科育人團隊。2023年，校本課程《保密管理概論》獲批國家級一流本科課程。2023年，獲評中共中央辦公廳創建模范處室單位。2024年，管理系獲北京高校黨建工作“標桿院系”。教工黨支部獲評中辦機關“四強”黨支部，中央和國家機關“四強”黨支部。教師黨支部書記獲北京市高校“強國行”專項行動“雙帶頭人”。

管理系設有4個教研室，即管理學教研室、政治學法學教研室、信息與保密技術教研室、保密管理教研室。管理系現有教職工25人，其中教授2人、副教授5人、講師13人、助教1人，享受國務院政府特殊津貼1人。以中青年骨干教師為主體，教師隊伍有活力、有干勁。

經過20多年的建設與發展，管理系已形成本、碩行政管理及密碼保密管理人才培養體系，為國家各級黨政機關、企事業單位共培養了千余名優秀的畢業生，他們在密碼保密管理、行政管理等崗位上腳踏實地，敬業奉獻，為黨和國家的事業貢獻自己的力量。